המקום שקק עוד טרום האינקה, אז היה מאוכלס על ידי קבוצות אתניות שונות ואילו בעידן אימפריית האינקה, המקום מילא תפקיד חשוב כשער לג’ונגל השופע בעלי חיים וציפורים אקזוטיות, אשר סיפקו נוצות למנחות ועיטורי לבוש האינקה.
במהלך התקופה הקולוניאלית ב-1537, האינקה בחרו באזור הזה כמחסום נגד התקדמות הספרדים, אך המקום נינטש ב-1572.
היישוב Choquequirao מציג מאפיינים אדריכליים יוצאי דופן במונחים של תכנון קרקע ונוף. האתר מתהדר בהנדסה הידראולית מתקדמת, שיצרה חללים חדשים לחקלאות, יסודות וקירות תמך, שתוכננו להכיל צמחים שונים.
ב-24 בדצמבר 2010, הוכרזה Choquequirao כאזור שימור.