היה זה באקוודור, למרגלות הרי האנדים, שם בני שבט מאיו צ’ינצ’יפ, היו הראשונים שהשתמשו בפולי קקאו להכנת המשקה וזאת כבר לפני יותר מ-5000 שנה. תגליות ארכיאולוגיות חשפו כלי חרס וקרמיקה מאותה תקופה, שהציורים עליהם מתארים את פולי המשקה בצבע זהוב עז, שנקרא אז “Ppitas de Oro”. הם היו הראשונים אשר בייתו עצי קקאו שהזן שלו נקרא ה-Nacional Cacao.
המשקה שמעורר שמחה וערנות, לצד תשוקה מינית, היה פופולארי אצל הילידים של מרכז אמריקה, החיים בעומק יערות הגשם הטרופיים, כמעט כמו הקוקה קולה של היום. האולמקים שחיו במקסיקו ובגואטמלה, הקימו את מטעי הקקאו הראשונים בסביבות שנת 400 לפני הספירה ובני המאיה היללו את הקקאו בכתבי ההירוגליפים המושקעים ומפורטים שלהם, בגילופים ועבודות אמנות. פולי וזרעי הקקאו היוו משאב אותו ידעו בני המאיה והאצטקים למקסם, הן כמשקה והן לייצור חמאת שוקולד. תדמיתו הנשגבת (משקה אלים), הביאה לכך שנעשה שימוש בקקאו לצרכים רפואיים וגם בטקסי אירוסין ונישואים וטקסים דתיים של בני המאיה והאצטקים. הוא הפך להיות אצלם הרבה יותר ממה שיינות צרפתיים יקרים ושמפניה נתפסים בתרבות האירופית כיום. הם גם השתמשו בפולי קקאו בתור כסף, למשל, רכישת עבד אחד עלתה 100 פולי קקאו. כאשר בני זוג נישאו, הנוהג היה שהגבר מעניק לאשה כ-5 פולי קקאו. מוקטסומה השני, קיסר האימפריה האצטקית, פינק את עצמו ואת אצילי חצרו בשוקולד, שהוגש לו בקערות זהב ונאכל בעזרת כף מוזהבת.
בעת הכיבוש הספרדי של אזור מקסיקו, ציפו הכובשים למצוא אוצרות זהב וכסף בארמון מונטזומה והופתעו לגלות שהאוצר האצטקי כלל פולי קקאו.
במאה ה-16 חשף הכובש הספרדי הרנן קורטס, את הקקאו לאירופאים והזן נקרא אז Arriba או Arriba Nacional – כאשר סוחרים אירופאים פקדו את נמל גואיאקיל ושאלו את המקומיים היכן ניתן למצוא את הקקאו המדהים הזה, המקומיים השיבו “אריבה” או “מעבר לנהר”.

במאות ה-18 וה-19, קקאו Nacional נחשב על ידי שוקולטיירים אירופאים לקקאו המקורי והנחשק בעולם, בגלל הארומה הפרחונית ופרופיל הטעמים העשיר שלו. זה היה עידן הזהב של הקקאו האקוודורי שהסתיים שצורה הרת אסון, ב-1916 – מחלה מסתורית פגעה בזן עצים זה ועד לראשית המאה ה-21, האמינו שהזן הלאומי, האגדי והמפורסם הזה של אקוודור, נכחד ויחד איתו, גם מעמדה הרם של אקוודור, כמקור לקקאו הנשגב בעולם. החל משנות ה-30, הקקאו שנאלצו לייצר באקוודור, נוצר מהכלאות של זני קקאו זרים, שהגיעו ממדינות שונות.
אקוודור אינה נמנית כיום בין ספקיות הקקאו הגדולות בעולם, אבל עדיין נתפסת כמקור לקקאו האיכותי בעולם. בקרב צרכני ויצרני שוקולד בעולם, לקקאו של אקוודור, ארץ מכורתו של הקקאו, יש מוניטין רב באיכותו וטעמו. חקלאים קטנים בלוס ריוס מייצרים אותו עבור יצרני שוקולד מיוחסים בכל רחבי העולם.

בשנת 2013 נתגלו 15 עצי קקאו עתיקים בעמק Piedra de Plata באקואדור ובאזורים בפרו, אשר בדיקות DNA הוכיחו שמדובר ב-100% Nacional טהור.
אפשר עדיין לשתות באקוודור קקאו Nacional מקורי ובעל יוחסין של 5,000 שנה. עצים צאצאים לזן זה, מספקים טעמים שונים, המזוהים לטרואר שבו מעבדים את הפולים, מנהר הגואיאס ועד ליער הגשם של מנאבי. הניחוחות האופייניים לקקאו Nacional, הם פרחוניים, עם טעם של עשבי תיבול ורמזים לפירות טרופיים, מה שהופך אותו לחומר הגלם הטוב ביותר עבור שוקולד איכותי במיוחד, עם פרופיל ארומטי מורכב. פעם הוא היה מקור לגאווה לאומית עבור האקוודורים, כיום זן זה מייצג רק אחוז זעום מתפוקת הקקאו של המדינה. אם עד לחצי השני של 1920, הקקאו של אקוודור היה בשיא הפופולריות שלו בכל העולם וכל הקקאו שלה היה טהור לגמרי, הרי שהמגיפה הבוטנית גרמה לכך שתוך פחות מעשור, הייצור באקוודור ירד בחצי. כדי להמשיך לעמוד בדרישות הייצור, הוכנסו מאז אליה זנים זרים והם יצרו הכלאות של עצים עמידים למחלות. זני הקקאו החדשים הללו עדיין גדלים באקוודור והפופולריות שלהם בקרב חקלאי הקקאו רק הולכת וגוברת. עם זאת, כלאיים אלה נהדרים לפרודוקטיביות, אבל לא כל כך לטעם משובח. אלא שמסתבר שסוחרים בינלאומיים אינם מבחינים בין השניים. אז למה לגדל קקאו Nacional אם יצרני השוקולד לא מוכנים לשלם על כך את מחירו? כך זן הקקאו הכי טעים ומיוחס באקוודור, כבר הולך ונעלם במהירות ונמצא בסכנת הכחדה.