יצירותיו מעוררות הערצה ובלבול כאחד. היצירות מורדות בתוויות המסורתיות ומפרקות מחסומים רבים. הוא מטשטש את הגבול בין מה שנקרא אמנות גבוהה – מיני יצירות שרואים בדרך כלל במוזיאונים ובגלריות – לבין אמנות “נמוכה”, כמו זו שרואים בסרטים מצוירים או בפרסומות.
הוא גם סותר את הרעיון המסורתי של אמן שעמל בסטודיו כדי ליצור יצירות מיוחדות במינן. מורקמי מעסיק צוות גדול של עוזרים, שמסייעים לו להמציא את העיצובים שלו. חלק מיצירותיו הן יצירות יקרות במיוחד המיועדות לגלריה או לאספני אמנות, אך הוא גם מייצר סחורה המונית, כמו ספלים, מחזיקי מפתחות וטישירטס, עם הדמויות שיצר.
מורקמי מסווג לעתים קרובות כאמן פופ, הוא זכה לכבוד של רב בחוגי עולם האמנות הנחשבת, תוך שהוא מתפרנס היטב ויוצר פופולאריות עצומה בקרב הציבור הרחב.
“רק לאחרונה הבנתי עד כמה הושפעתי מסטיבן ספילברג”, אמר מורקמי למגזין “Interview” בשנת 2001. “בסרטיו יש מתח בין עולם הילדים לעולם המבוגרים”. רבות מיצירותיו של מורקמי לוכדות את המתח הזה בין התמימות של הילדות לחוויית הבגרות, כאשר התמונות המצוירות שלו מציגות לפעמים תת גוון אפל ומעט מצמרר. “למדתי באירופה ובאמריקה על מקומה של סצנת האמנות היפה. סך הכל מעט אנשים מגיעים למוזיאונים. הרוב מבקש סרטי קולנוע. החלל הזה הנקרא מוזיאון, הוא סוג של מדיה בסגנון ישן”.
גם תנועת הפופ ארט, במהלך שנות ה-60 וה-70 בניו יורק, החלהה כמרד נגד מה שחלק מהאמנים ראו כעולם אמנות יומרני ואליטיסטי. אמני פופ פנו לנושאים שבעבר נחשבו לא ראויים לאמנות יפה: מוצרי צריכה, דמויות מצוירות ואמנות מסחרית כמו זו שנראתה על שלטי חוצות או בפרסומות של מגזינים. אמני פופ ביקשו להחזיר את האמנות לחיי היום-יום – או להביא את חיי היומיום לעולם האמנות – בהשאלה של תמונות שהקהל הרחב ראה במכולת, בטלוויזיה או בעיתונים.

האמן המזוהה לרוב עם אמנות הפופ הוא אנדי וורהול (1928–1987), אמן אקסצנטרי וגאוני, שאף הוא העסיק צוות של עוזרים שעזרו ליצור את העבודות בסטודיו שלו, המכונה the factory. במהלך חייו נחשב וורהול כאמן מסחרי בעיקר ואחד מהאוונרגדיסטים המורדים הנועזים ביותר בתקופתו. בשנים שחלפו מאז מותו, השפעתו האדירה על האמנות המודרנית הפכה קיבלה הכרה.
אמןני פופ מצליחים נוספים היו רוי ליכטנשטיין (1923–1997), עם ציורים בסגנון קומיקס, קית’ הרינג (1958–1990), שהשתמש באמנות גרפיטי כהשראה שלו ויצר גם יצירות באיכות מוזיאלית וגם סחורה בייצור המוני. לאמני פופ כולם היה משהו משותף: הם סירבו לקבל הגדרות מוגבלות המבקשות לקבוע אילו סוגי נושאים מתאימים ליצירות אמנות ולכן המבקרים ראו בהם מאיירים או אמנים מסחריים בלבד – תוך כוונה לזלזל ביכולותיהם ולבזות את עבודתם. אלא שעם הזמן התקבל הפופ ארט כצורה לגיטימית של אמנות יפה שהצליחה להביא את התרבות הפופולרית למגדל השן של התרבות הגבוהה.
מורקמי חיפש דרכים לשלב את הטרנדים הפופולריים ביצירותיו כדי ליצור משהו בעל ערך מתמשך, אל-זמני, כפי שהסביר במאמר מ-2001, במגזין Wired: “ביקשתי לחקור את סוד ההישרדות בשוק ואת האוניברסליות של דמויות כמו מיקי מאוס, סוניק הקיפוד, דורימון והלו קיטי.”
הלו קיטי מופיעה בכ-20,000 מוצרים והמכירות השנתיות של מוצרים מסוג זה, מסתכמות בכ-500 מיליון דולר. גם האנימה והמנגה הולידו מוצרים בשפע – צעצועים, בובות, בגדים ועוד הרבה יותר – מה שהוביל לאספנות מטורפת ותחרותית. אספנים מושבעים לא רק רוכשים את הסחורה אלא גם צוברים ידע מפורט על הדמויות בקריקטורות ובקומיקס עצמם.
דמותו הידועה ביותר של מורקמי ידועה בשם מר DOB, יצור דמוי עכבר עם ראש עגול ואוזניים גדולות ועגולות. הוא הופיע גם ביצירות אמנות מוזיאלית וגם על גבי סחורה כמו חולצות טריקו. מבקרי אמנות לא היו בטוחים מה לעשות עם היצירות יוצאות הדופן האלה: הן מקוריות ביותר, מבוצעות להפליא, מושכות חזותית – אבל האם הן יכולות להיחשב לאמנות יפה? חלקם דחו את יצירותיו של מורקמי, בטענה שהן מקסימות אך חסרות מהות; הם משמחים את העין אבל לא גורמים לצופים לחשוב. רבים אחרים, לעומת זאת, העריתו את גישתו ההרפתקנית של מורקמי, במיוחד את יכולתו לגשר בין עולמות האמנות הגבוהה והנמוכה וליצור יצירות הפונות לקהל רחב יותר מרוב היצירות של האמנות היפה.

מורקמי זכה לשבחים במיוחד על האמנות במרחב הציבורי שלו – יצירות המוצגות להנאת צופים בכל הגילאים. בסתיו 2003 מורקמי הוא הציב את Reversed Double Helix ברחבת רוקפלר סנטר במידטאון מנהטן – שני בלונים ענקיים, מספר פסלי פטריות צבעוניות ששימשו כמושבים למבקרים ופסל בגובה ענק בדמותו של מורקמי ומר פוינטי, המכונה ביפנית טונגרי-קון. – דמות בעלת ראש עגול גדול, מרובה זרועות וגוף בצבעים עזים, סוג של פרשנות שלו להלו קיטי. מורקמי מכר את הפסל מר פוינטי לבעלי בית המכירות הפומביות המוערך כריסטי’ס תמורת 1.5 מיליון דולר. שנתיים קודם לכן הוא הבהיל ושימח את הנוסעים במסוף הרכבת התחתית גראנד סנטרל בניו יורק, עם Wink, תצוגה של פסלי פטריות ובלונים ענקיים מלאי הליום שריחפו בגובה רב, מעוטרים  בעיניים צבעוניות מכל הצורות והגדלים כמו גם ספירלות ועיצובים אחרים.
בעוד מורקמי הופך לאמן מקובל בחוגי האמנות הנחשבת ביפן ובארצות הברית בתחילת המאה העשרים ואחת, היו אלה עיצובי התיקים המוצלחים להפליא שלו עבור לואי ויטון ב-2003 שהפכו אותו לסלבריטאי – במיוחד ביפן, שם הוא הגיע למעמד של כוכב רוק. התיקים הראשונים בעיצוב מורקמי אזלו עוד לפני שהגיעו לחנויות ובמהלך החודשים הבאים, התיקים – במחיר של אלפי דולרים – עפו מהמדפים. עשרות אלפי לקוחות נרשמו ברשימות המתנה לרכישת האקססוריז של מורקמי וגרסאות חיקוי רבות צצו בחנויות רחוב ובאתרי אינטרנט בעיר הגדולה. המכירות של תיקי מורקמי היוו כעשרה אחוזים מההכנסות השנתיות של לואי ויטון, והסתכמו בהרבה יותר מ-300 מיליון דולר בשנת 2003. עם זאת, מורקמי שילם מחיר על הצלחתו עם תיקי לואי ויטון: הוא זכה לתהילה נרחבת ברחבי העולם, אך כמעצב של ארנקים ולא כאמן. בראיון עם ג’ים פרדריק מ”טיים אינטרנשיונל” באביב 2003, התוודה מורקמי: “אני צריך לבנות מחדש את החומה בין האמנות המסחרית לאמנות היפה שאני עושה. אני צריך להתמקד בצד האמנותי אצלי לזמן מה”.
למורקמי מפעל אחד הממוקם מחוץ לטוקיו ואחד בברוקלין, ניו יורק, שם הוא יוצר את הציורים, הפסלים והסחורה שלו בעזרת עשרות עוזרים. המפעלים מייצרים ארבעים עבודות בשנה אחת. זה יכול להיות פסל שימכר במיליון דולר, או חפצים קטנים שימכרו כחפצי נוי לבית. מורקמי גורס שחשוב יותר שאמנות תימכר בפריטים רבים, מאשר תוצג בתערוכות.