היסטוריון במקצועו, פוג’ימורי החל לתכנן מבנים מאוחר בחייו, כשהיה בן 44. הוא התבקש לתכנן מוזיאון להיסטוריה עבור משפחה מהכפר המקומי שלו, ליד Nagano והחליט לבנות משהו לגמרי לא קונבנציונלי. המוזיאון ההיסטורי Jinchōkan Moriya בצ’ינו, נאגנו, יצירתו יוצאת הדופן זכתה להצלחה ומאז, הוא מספקת בית מרתק אחד אחרי השני, בקצב של בית בשנה. תוך שימוש בידע שלו בהיסטוריה של האדריכלות היפנית ובכישרונו בעיצוב, הוא מצליח ליצור מבנים ייחודיים, רגישים מבחינה אקולוגית וחסכוניים באנרגיה.
הדרך בה פוג’ימורי מעצב ובונה את הבתים שלו היא לא קונבנציונלית כמו צורתם. הוא פשוט לוקח גזע עץ ומתחיל לשנות אותו עם מסור חשמלי, עד שהוא מקבל דגם גס של מה שהוא מתכנן לבנות. אחר כך הוא מזמין את לקוחותיו לדגם ענק שניצב 20 מטרים באוויר, על שני גזעי עצים מפוצלים ומציג אותו בפניהם. הוא מנער ושנה את הבית עד שהם אוהבים אותו.
גלריות הציעו לקנות את דגמי גדמי העצים שלו, אבל הוא מסרב למכור.
האדריכלות שלו מאופיינת באקסצנטריות והומור. ביפן הוא ידוע מאד גם כסופר, פרשן תרבות ומנחה טלוויזיה, אבל הוא היה לא מוכר יחסית במערב עד שייצג את יפן בביאנלה בוונציה ב-2006.

בשנות ה-80, פוג’ימורי הפתיע את עולם האדריכלות עם המבנה הראשון שלו, מבנה קטן ומדובלל בעיר הולדתו: המוזיאון ההיסטורי ג’ינצ’וקאן מוריה, שנבנה עבור משפחת מוריה, יורשיו של מקדש חשוב, שראשיתו מתקופת האבן. המשפחה ביקשה מפוג’ימורי למצוא להם מעצב. פוג’ימורי החליט לעצב אותו בעצמו. המוזיאון עטוי ברעפים ארוכים בצורה יוצאת דופן, מפוצלים ביד ומרוחים בבוץ. אלמנטים מהטבע שובצו בהשראת טקסים של מקדש סווה. כך, פוג’ימורי עיצב את המוזיאון ההיסטורי ג’ינצ’וקאן מוריה, 1991, לאחר שלא הצליח למצוא אדריכל מתאים למשפחת מוריה.
הרבה אדריכלים לעגו להיסטוריון וראו בו אדריכל חובבן. Kengo Kuma כינה את עבודותיו “אגרוף ממש ללסת המודרניזם”. אראטה איזוזאקי: “היו היה היסטוריון אדריכלי מכובד, שיום אחד השתגע והחל לייצר חפצים מוזרים בפתאומיות”. טויו איטו ציין שהפרופורציות מוזרות, ולימים כינה אותו “מניאק עם טעם יוצא דופן”.
אפשר לראות בעבודה ביטוי אדריכלי של תנועות אנטי-אמנות של שנות ה-60, או השראה ממבנים פרימיטיביים קדומים שנמצאים ברחבי העולם, שנבנו עם בולי עץ, בוץ ואבן.
לאחר המוזיאון, הוא עיצב את ביתו שלו, את בית טנפופו (‘שן הארי’) משנת 1995 ואת בית נירה (‘כרישה’) מ-1997 עבור אקאסגווה. בראשון, עשבים שוטים נובטים בקירות ובשני, גדלה כרישה על הגג.
בזמן תכנון ביתו של אקאסגווה, פוג’ימורי גילה עוד אהבה שליוותה אותו בהמשך – ארכיטקטורה שאין בה מטרה תועלתנית במיוחד. הגישה הלא שגרתית של פוג’ימורי לטקסי תה ולבתי תה, שסירבה להתאים עצמה לטקס הכוריאוגרפי המשוכלל והמסורתי, כשהיא נמנעת ממחצלות טטאמי וממוסכמות ארכיטקטוניות אחרות, זכתה לביקוש אצל לקוחותיו הבאים: כומר במקדש קיוטו וראש הממשלה לשעבר מוריהירו Hosokawa.

אחרי כל הלקוחות והדרישות שלהם, החליט שהגיע הזמן לבנות בית תה משלו: בית התה 2004 Takasugi-an (בית התה הגבוה מדי), בעיר הולדתו. הוא התנדנד בחוסר יציבות על שני גזעי ערמונים שנראו כמו רגליים. הצטרפה ל-Takasugi-an גם סירת הבוץ המעופף משנת 2010 – הראשון מבין כמה בתי תה ניידים, שחלקם צפו על המים ואחרים נעו על גלגלים. בתי תה נותרו כרטיס הביקור שלו, שמפוזר ברחבי העולם. בתי תה אפשר להזכיר עד ל-2021 אז הוא תכנן את Go-an, לאולימפיאדת טוקיו, מזמין את המבקרים לזחול דרך פתח קטן במבנה המכוסה דשא ולטפס בסולם לחדר טקס התה הראשי.
פוג’ימורי בנה כמה מבנים גדולים יותר, חלקם עטורי פרסים, אבל הוא העדיף משהו קטן יותר, לעצב מגוון דמויות מוזרות במקומות משונים.
בשנת 2009, הוא השלים כפר שלם של בתים קטנים ששוכנו על גבי בניין ראשי. הלקוחות, טקאו והארוקה יאמאמוטו, ממפעל ממתקים משפחתי גדול בשם Taneya. הם הזמינו את פוג’ימורי לפתח מתחם שובב הפונה לציבור הרחב וכך הוא הניב את עבודתו המשובחת, הכוללת את ה-Kusayane (גג הדשא), Douyane (גג הנחושת) ו-Kurihappon (מאה עצי ערמונים). שלל צוותי גננים שומרים על הגגות ירוקים ושותלים אורז על הגגות בכל אביב. ילדים נכנסים ויוצאים ממבנים קטנים המזכירים אבנים עתיקות. המנכ”ל יושב על כיסאות שניראים לקוחים מחוברת קומיקס משנות ה-60.
בשנת 2017, פוג’ימורי הפך למנהל מוזיאון אדו-טוקיו. פוג’ימורי עדיין בונה ומפרסם, אולי יותר מתמיד.

Mosaic Tile Museum, Tajimi

Takasugi-an (高過庵)
טאקאסוג’י-אן ממוקמם בעיר הולדתו של האדריכל צ’ינו במחוז נאגאנו, 6 מטרים מעל פני הקרקע. פירוש שמו המילולי הוא “בית שנבנה גבוה מדי”. אל בית התה הקטנטן מגיעים שני סולמות עצמאיים העשויים מעצי ערמונים שנכרתו מההר הסמוך. כמקובל ביפן, חולצים את הנעליים באמצע הדרך על פלטפורמה ייעודית קטנה. נאמן לאסתטיקה של פוג’ימורי, הביתן דומה לבית עץ יותר מאשר חדר תה. הוא בנוי בטיח, עם גג נחושת. זהו בית התה המפורסם ביותר של האדריכל, אך הוא נותר רכושו הפרטי של המעצב המוזר שלו.

בית התה המעופף Flying Mud Boat 空飛ぶ泥舟
בית תה שנועד להיות נייד. הרעיון הוא שניתן להתקין אותו בכל סביבה ובכל אקלים. החלק החיצוני, המזכיר צורה של קליפת אגוז, מורכב משני חצאים. החלק העליון הוא גג רעפים מעץ. החלק התחתון עשוי בטיח בוץ. לשני החומרים האורגניים הללו יש גם תכונות תרמיות טובות מאוד.

Nemunoki Children’s Museum of Art by Terunobu Fujimori
הגישה המשובבת והדמיון של פוג’ימורי לארכיטקטורה, ניכרים בעיצובו של מוזיאון נמונוקי לאמנות. את הבניין הייחודי הזה, עם צורתו המגובנת, חזה פוג’ימורי כ”ממותה”. המוזיאון, הפונה לאמנות ילדים, מציג את יכולתו למזג מושגים גחמניים עם עיצוב פונקציונלי וליצור חלל חינוכי וגם שובה לב מבחינה ויזואלית. עבודתו של פוג’ימורי מאתגרת לעתים קרובות את הנורמות האדריכליות המסורתיות, מה שהופך את הפרויקטים שלו לא רק לייחודיים אלא גם מרתקים ומעוררי מחשבה.